สโมสรก่อตั้งใน ค.ศ. 1922 โดยใช้ชื่อ "เกียวโตชิโกคลับ" (ญี่ปุ่น: 京都紫郊クラブ; โรมาจิ: Kyōto Shikō Club) ก่อนจะเปลี่ยนตัวอักษรจาก 郊 เป็น 光 ซึ่งอ่านออกเสียงเหมือนกันแต่แปลว่าแสงสว่างใน ค.ศ. 1954[3] เกียวโตชิโกคลับเข้าแข่งขันเจแปนซอกเกอร์ลีก (เจแอสเอล) ดิวิชัน 2 เป็นครั้งแรกใน ค.ศ. 1972 ก่อนจะตกชั้นใน ค.ศ. 1979 ได้เลื่อนชั้นกลับเข้ามาอีกครั้งใน ค.ศ. 1989 จนกระทั่งลีกญี่ปุ่นปรับโครงสร้างใหม่ใน ค.ศ. 1992 โดยเจแปนซอกเกอร์ลีกดิวิชัน 2 เปลี่ยนชื่อเป็นเจแปนฟุตบอลลีก (เจเอฟแอลเก่า) ดิวิชัน 2 เกียวโตชิโกแข่งขันในเจเอฟแอลเก่าดิวิชัน 2 ได้เพียงฤดูกาลเดียวก็เลื่อนชั้นขึ้นสู่ดิวิชัน 1 ซึ่งเป็นลีกอันดับสองของญี่ปุ่นในขณะนั้น ซึ่งในฤดูกาล 1993 นั้นเองเกียวโตชิโกได้เปลี่ยนชื่อเป็น "เกียวโต เพอร์เพิล ซังงะ" ก่อนที่จะจัดตั้งเป็นบริษัทมหาชนในฐานะบริษัทในเครือของเคียวเซร่า ใช้ชื่อบริษัทว่า "เคียวเซร่าเพอร์เพิลซังงะ" เป็นระยะเวลาสั้น ๆ ก่อนจะเปลี่ยนมาใช้ชื่อ "เกียวโตเพอร์เพิลซังงะ" จนถึงปัจจุบัน เกียวโต เพอร์เพิล ซังงะเข้าเป็นสมาชิกสมทบของเจลีกใน ค.ศ. 1994 และเป็นสมาชิกเจลีกโดยสมบูรณ์ เข้าแข่งขันในเจลีกในอีกสองปีถัดมา[3] เกียวโต เพอร์เพิล ซังงะตกชั้นจากเจลีกดิวิชัน 1 ครั้งแรกหลังสิ้นสุดฤดูกาล 2000 และหลังจากนั้นตลอดช่วงทศวรรษ 2000 จนถึงต้นทศวรรษ 2010 สโมสรก็เลื่อนชั้นและตกชั้นระหว่างเจลีกดิวิชัน 1 และดิวิชัน 2 หลายครั้ง ในระหว่างนั้นเกียวโต เพอร์เพิล ซังงะได้เปลี่ยนชื่อจากเดิมใน ค.ศ. 2007 เป็น "เกียวโต ซังงะ" ซึ่งเป็นชื่อที่ใช้มาจนถึงปัจจุบัน เกียวโต ซังงะตกชั้นครั้งล่าสุดหลังจบฤดูกาล 2010 และยังคงแข่งขันในเจลีก ดิวิชัน 2 จนถึงฤดูกาล 2021[3]

แต่เดิมเกียวโต ซังงะถือเป็นสโมสรประจำนครเกียวโตเพียงเมืองเดียว จนกระทั่งในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 2010 ได้ขยายฐานแฟนฟุตบอลไปยังอีกห้าเมืองรายรอบได้แก่เคียวตานาเบะ โจโย นางาโอกาเกียว มูโก และอูจิ[3] และหลังจากนั้นก็ขยายฐานออกไปอีก โดยครอบคลุมคิซูงาวะ (เมษายน ค.ศ. 2012) คาเมโอกะ (เมษายน ค.ศ. 2014) เคียวตัมบะ นันตัง (กันยายน ค.ศ. 2017)[4] ฟูกูจิยามะ ไมซูรุ อายาเบะ (กันยายน ค.ศ. 2019)[5] และยาวาตะ (มีนาคม ค.ศ. 2020)[6] รวมทั้งสิ้น 13 เมืองและ 1 ตำบล